rMATS 4.0版本在Ubuntu16.04 的安装

1、官网下载 rMATS v4.0.1

下载地址：http://rnaseq-mats.sourceforge.net/rmats4.0.1/rMATS.4.0.1.tgz

2、安装依赖文件

按官网说明安装

pip install numpy

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev

sudo apt-get install gfortran

sudo apt-get install libgsl0ldbl

3、关键步骤

第二步的最后一个libgsl0ldbl的安装。

libgsl0ldbl是Ubuntu14版本支持的，但是到了Ubuntu16.04就不在支持了，而是替换为libgsl2，因此需要先安装libgls2.

sudo apt-get install libgsl-dev

找到libgsl2的安装路径：

dpkg -L libbgls2

找到文件【libgsl.so.19】的路径，并将其复制或者链接到【/usr/lib】目录下

sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gun/libgsl.so.19 /usr/lib/libgsl.so.0

更新系统动态库：

sudo ldconfig

如果更新正常，会什么都不显示。

4、按官网说明运行rMATS.py脚本

Running with fastq：

python rmats.py --s1 s1.txt --s2 s2.txt --gtf gtfFile --bi STARindexFolder -od outDir -t readType -readLength readLength [options]*

Running with bam：

python rmats.py --b1 b1.txt --b2 b2.txt --gtf gtfFile --od outDir -t readType --nthread nthread --readLength readLength --tstat tstat [options]*

下图为我的运行结果，可以看出是没有任何报错，结果文件也都有。