软件QTL IciMapping 4.1的使用

1、在excel中整理基因型数据和表型数据。基因型数据按如下整理，所有引物在第一行，所有样品在第一列，将基因型用特定数字替换并保存；表型数据按如下整理如所有性状名称在第一行，所有样品在第一列，将表型数据录入

2、分别将基因型数据和表型数据转置并保存

3、打开软件自带的一个map文件，修改相关参数如标记数量、群体数量并选择相应的模块，将上述准备好的转置基因型数据粘贴到该map文件保存

1、双击打开QTL分析软件，单击File，再单击New Project，进行命名、设置保存路径，单击OK确定，此项目创建成功

2、单击File，再单击open，选中map，找到修改后的map文件位置并打开

3、利用grouping指令对标记进行连锁群分类

4、点击ordering命令进行标记排序

5、再点击ripping命令将连锁标记的排列顺序进行梳理

6、最后点击outputing命令生成result,单击map出现遗传连锁图谱

7、map result文件下生成一个bip 文件，用txt方式打开bip文件，将表型数据录入并修改相关参数如表型种类及样品数量，保存

8、在QTL软件中打开上述保存的bip文件

9、点击start进行全基因组扫描

10、待运行结束后，点击左上角bip，会出现QTL结果，双击qic打开即看到与性状显著连锁的QTL位点

11、将上述结果打开后复制粘贴到excel表，整理成你想要的形式即可