Gromacs详细安装教程
1、首先确保已安装好VMware虚拟机和CentOS操作系统(如下图)。此外可以到Gromacs官网和cmake官网下载安装程序包(http://manual.gromacs.org/documentation/ https://cmake.org/download/)。
2、检查和安装C/C++(如下图)
检查C/C++:
$ gcc -v
安装C/C++:
$ sudo yum install gcc (这里sudo是获取临时root权限，需要管理员密码；另外用"su"命令进行root操作也可以)
检查和安装Cmake(如下图)
检查cmake:
$ cmake -version
如果没有安装cmake或版本过低，需要到网上下载，yum资源库中的cmake版本一般较低:
下载安装包: https://cmake.org/files/v3.10/cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz (用系统自带的下载工具下载) (如下图)
安装过程:
$ tar zxvf cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz (解压安装包)
$ cd cmake-3.10.2-Linux-x86_64 (进入目录)
$ ./bootstrap
$ make
$ sudo make install
3、安装Gromacs
官网下载:
下载安装包: http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.4.tar.gz (用系统自带的下载工具下载) (如下图)
开始安装gromacs
$ tar xfz gromacs-2018.4.tar.gz (解压安装包)
$ cd gromacs-2018.4 (进入目录)
$ mkdir build (新建文件夹build) (如下图)
$ cd build (进入目录)
$ cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2018.4 (要求安装过程中自动下载FFTW库文件，指定程序安装到目录/usr/local/gromacs-2018.4)
$ make (编译时间比较长)
$ make check
$ sudo make install (安装)
4、设置私有环境变量
安装好后，需要设置环境变量，以便bash调用:
$ cd (回到个人目录，例如:/home/user/)
$ vi .bash_profile (用vi 编辑.bash_profile文件) (如下图)
在.bash_profile文档的末行添加(如下图): source /usr/local/gromacs-2018.4/bin/GMXRC 。添加完后按"Shift"+":"并输入"wq!"保存退出。
重新启动bash:
$ logout (注销并重新登录)
安装后查看
查看gromacs是否正确安装(如下图)
$ gmx -version (可以看到刚才安装的Gromacs版本)
查看动力学程序mdrun是否可用:
$ gmx mdrun -h
