外泌体数据库你知道多少?

2026-02-15 17:09:46

近年来,外泌体有多火就不用小医多说了吧。在肿瘤等疾病的基础研究、转化应用和诊断治疗中展现出巨大潜力,那研究热度真的是蹭蹭往上涨。当然在国自然项目中,外泌体的中标项目及资助金额也是飙升,成为国自然数一数二的热点之一。

也许你在担心自己的课题不适合做外泌体,莫慌!实际上外泌体是一个非常特殊的对象,它并不是终极的一个分子或蛋白,它是一个单位,而这一单位是细胞与细胞之间沟通方式的最主要形式,因此你可以想象,几乎所有生物医药研究领域,你都可以全新的,从外泌体的角度进行挖掘!

今天就给大家介绍几个外泌体研究中常用的数据库!

工具/原料

外泌体研究中常用的数据库

EVpedia-外体蛋白质组、转录组和脂质体数据库

EVpedia是由韩国项浦大学创建的一个完整而全面的蛋白质组、转录组和脂肪体数据库,其来源于古菌、细菌和真核生物,包括人类。ExoCarta外体蛋白质、RNA和脂质数据库

    摘要部分看完大概知道文章找了些结直肠癌中差异的上百了lncRNA,后来从中缩小到了8个lncRNA,然后弄了一个基于SVM的风险分类模型来区分早期结直肠癌中的高风险病人,然后还做了通路富集分析啦。Vesiclepedia --外体蛋白质、RNA和脂质数据库

      Vesiclepedia,一个胞外囊泡分子数据(脂质、RNA和蛋白质)的手工检索工具库,目前包含来自于过去一些年份文献中发表的341个独立研究的35264个蛋白,18718个mRNA,1772个miRNA、342个脂质条目,还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索。EMBL-EBI

        欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)拥有世界上最全面的免费和最新的分子数据资源.外基-外体圆环RNA数据库、INcRNA和mRNA

          外RBase是一个循环RNA(CircRNA)、长非编码RNA(INcRNA)和信使RNA(MRNA)的储存库,这些RNA和mRNA是从人血外体的rna-seq数据分析中提取出来的。还包括已发表文献的实验验证。尿Exosome蛋白数据库

            这个尿外体蛋白数据库是基于发表的蛋白质质谱数据。NHLBI上皮系统生物学实验室(ESBL)。所有的数据都是从健康的人类志愿者体内分离出来的。这个数据库包含了用两种不同的质谱仪来鉴定人类尿外体的蛋白质。exRNA图谱-外显子RNA数据库

              ExRNA图谱是细胞外RNA通讯联盟(ERCC)的数据仓库,包括来自人和小鼠生物液的小RNA测序和RT-qPCR衍生的exRNA图谱。所有rna-seq数据集都使用第4版的摘录小型rna-seq管道并将ERCC制定的质量指标统一应用于这些数据集。注意事项

                一个好的数据库在前期可以帮助确定要深入研究的基因,从而使后期的功能和机制研究更顺利。

                但是想熟练运用这些数据库,还是要花点时间的!

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